Alma Whittaker naît avec le XIX^e siècle, à Philadelphie, d'un père anglais dont le talent de botaniste et la roublardise lui ont permis de faire fortune dans le commerce du quinquina, et d'une mère qui tient de sa famille de l'Hortus Botanicus d'Amsterdam une formidable érudition ainsi qu'une rigueur toute hollandaise. À leurs côtés et au contact des éminents chercheurs qui gravitent autour d'eux, Alma acquiert une intelligence éclectique et la passion de la botanique. En grandissant, elle se passionne pour les mousses puis pour Ambrose Pike, illustrateur de génie. Comme elle, il cherche à percer les secrets du monde qui l'entoure mais, à la logique scientifique d'Alma, il préfère une pensée ésotérique ; un fossé qui les éloignera inexorablement mais poussera enfin Alma à partir à son tour à la découverte du vaste monde. L'Empreinte de toute chose entraîne le lecteur à la découverte d'un XIX^e siècle kaléidoscopique, des bas-fonds anglais à la bonne société d'Amsterdam en passant par Philadelphie, Tahiti, Macao ou les cimes des Andes, dans un monde où les terra incognita s'amenuisent de jour en jour. Alma, dotée d'une soif d'apprendre sans pareille, explore ce monde, la nature, la société dans laquelle elle vit et son propre corps - de l'infiniment grand à l'infiniment petit...